Depois de frustrar o plano anterior de Bowser de se casar com a Princesa Peach, Mario e Luigi agora enfrentam uma nova ameaça na forma de Bowser Jr., que está determinado a libertar seu pai do cativeiro e restaurar o legado da família. Juntamente com velhos e novos amigos, os irmãos viajam através das estrelas para frustrar a cruzada do jovem herdeiro.
